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Liste des stages M2 Année 2016-2017


MAJ le 9/12/2016
Titres des stages ** Stages déja retenus
Stage 1 : Nucleic acids coarse-grained modeling (Encadré par : S. Pasquali)  
Stage 2 : Stages Finlande Helsinki (Encadré par : H. Xhaard)  
Stage 3 : Modélisation moléculaire de la formation d’amyloïdes fonctionnelles (Encadré par : F. Gobeaux)  
Stage 4 : Conception et validation d’un outil de criblage virtuel basé sur des pharmacophores directement déduits de la structure 3D de sites de liaisons droguables (Encadré par : D. Rognan) M. Amoussou
Stage 5 : Developing specific inhibitors of the enzyme ALDH1A2 (Encadré par : GUVENCH OLGUN) B. Touzeau
Stage 6 : Approches chemoinformatiques pour la mise à jour et l’analyse de données chimiques et pharmacologiques de modulateurs d’interactions protéine-protéine. (Encadré par : O. Sperandio)  
Stage 7 : Un nouveau paradigme Le projet MDFT. (Encadré par : M. LEVESQUE et C. GAGEAT) J. François
Stage 8 : Développement d’outils in silico pour l’étude d’inhibiteurs de kinases (modes de liaison, activité, sélectivité etc.) (Encadré par : Dr M. Lopez Ramos & Dr D. Bucher) L. Ait-Ouarab
Stage 9 : Prédiction structurale des interactions protéine-protéine en utilisant l’information évolutive (Encadré par : J. ANDREANI et R. GUEROIS)  
Stage 10 : Identification of potent and selective CYP26 inhibitors based on homology modeling and virtual screening. (Encadré par : K. Pors )  
Stage 11 : Etude du transporteur de glucose et ses mécanismes de transport (Encadré par : C. Etchebest ) S. Abbar
Stage 12 : Studies of binding for a peptide to RNA. (Encadré par : Pr David J. Wales) M. Choffe
Stage 13 : From SMARTCyp towards a Virtual Liver (Encadré par : Flemming Steen Jørgensen)  
Stage 14 : Application of protein-protein docking to help caracterizing disease-related mutations for personalized medicine (Encadré par : J. Fernández-Recio) A. Moine-Franel
Stage 15 : Study of antigen-antibody complexes. (Encadré par : A. Karlsson & M. Bianciotto) J. Vucinic
Stage 16 : Benchmarking different computational approaches for the calculation of the ligand binding free energy with applications both to host-guest and protein-ligand systems. (Encadré par : ) P. Pacak
Stage 17 : Etude par simulation de dynamique moléculaire de l’interaction de la caspase 3 avec des peptides cycliques issus de son interface de dimérisation. (Encadré par : D. Stratmann )  
Stage 18 : Le dessin computationnel de protéines: mesures de performance et nouveaux développements (Encadré par : T. Simonson)  
Stage 19 : Development of a SARI approach based on pharmacophore fingerprint and assessment with side effects clinical outcomes (Encadré par : O. Taboureau)  
Stage 20 : Allostérie Structurale de l’intégrine αIIbβ3 (Encadré par : A. de Brevern)  
Stage 21 : Ligand reconstruction in binding sites at a polypharmacological level by mining PDB existing data embedded in a Chemo-proteomic programming interface. (Encadré par : Ch. Meyer/Centre de Recherche Janssen-Cilag) O. Béquignon
Stage 22 : Recherche de modulateurs d’épissage (Encadré par : C. Bauvais, G.BOLLOT/SYNSIGHT SAS)  
Stage 23 : Interactions peptide-protéine : méthodes de dynamique moléculaires accélérées pour l’affinage et le scoring des poses. (Encadré par : P. Tufféry)  
Stage 24 : Computational design of novel peptidomimetic inhibitors of cadherin homophilic interactions (Encadré par : Dr. Monica Civera/Prof. Laura Belvisi)  
Stage 25 : Molecular modeling of binuclear tubulin targetting compounds (Encadré par : Dott. Stefano Pieraccini)  
Stage 26 : Modeling enzymes orientations on electrode surfaces for green energy production (Encadré par : Sophie Sacquin-Mora )  
Stage 27 : Reliability of RNAi data for predicting of response to compound data on cancer cell lines. (Encadré par : Antoine De Weck/Novartis ) D. Naga
Stage 28 : Conception et réalisation d’un criblage in silico techniques phytochimiques permettant l’extraction et l’analyse des extraits végétaux identifiés et destinés à des formules pharmaceutiques ou cosmétiques. (Encadré par : LETI Mathieu ) L. Trisson
Stage 29 : Detection of genes and pathways modulated in neoplastic and microenvironment cells as a result of their physical interaction using single cell RNA-seq data.(Encadré par : Valentina BOEVA ) Y. Yousfi
Stage 30 : Définition d’un Espace conformationnel commun aux GPCR de classe A par Dynamique Moléculaire (Encadré par : Bruno CORNET) Z. Si Chaib
Stage 31 : Nouvelles cibles thérapeutiques pour la sclérose en plaques : les analogues des récepteurs du VIP et du PACAP (Encadré par : Jana Sopkova)  
Stage 32 : Régulation de la voie de signalisation Hedgehog : modélisation à partir de données SAXS et cristallographie de la protéine SUFU (Encadré par : V. Biou) A. Grine
Stage 33 : Développement d’outils de docking sur les gaz/ protéines membranaires (Encadré par : P. PULLUMBI) R. Hammouche
Stage 34 : homologie comparative criblage virtuel (Encadré par : F. Amaury) F. Chibat
Stage 35 : Statistical analysis of the known conformational space of protein-bound ligands This subject(Encadré par : J. Kirchmair) M. Simsir
Stage 36 : building hybrid models combining molecular dynamics and machine learning for predicting protein-ligand interactions (Encadré par : R. Juho) M. Jabri
Stage 37 : structure et évolution des gènes de novo (Encadré par : A. Lopes)  
Stage 38 : Capacité à mettre en place et suivre une démarche scientifique avec des outils in silico. (Encadré par : J. Fogha) R. Miguel